वास्को-डी-गामा ने बीच के अरब देशों से किनारा करते हुए अफ़्रीका होते हुए यूरोप से भारत का समुद्री मार्ग खोजा। उसके अहंकारी स्वभाव से ज़ामोरिन (कालीकट का शासक) तथा स्थानीय मुस्लिम व्यापारी रुष्ट हो गए, जिसके कारण उसे कोचीन तथा कन्नानोर के अपने विरोधियों के साथ गठबंधन करना पड़ा। 1508 में पुर्तग़ालियों ने मुंबई के निकट चौल में मिस्र के ममलूक बेड़े को पराजित किया जिससे भारतीय–अरब व्यापार पर अरबों का प्रभुत्व कमज़ोर हुआ। कालांतर में गोवा की विजय के उपरांत डी-गामा पुर्तगाली वाइसरॉय बन गया। हिंदुओं को वह भ्रष्ट ईसाई समझता था और अपने कई समकालीनों की भांति मुसलमानों के प्रति उसकी गहन शत्रुता थी। यहाँ तक कि उसके बेड़े ने मक्का से लौटते हुये एक जहाज़ पर हजयात्रियों को जला डाला था। यह विकिमेडिया चित्र पुर्तगाल के राष्ट्रीय पुस्तकालय में संरक्षित पेंटिंग का है जिसमे वास्को-डी-गामा को पुर्तगाल के शासक की सभा में दिखाया गया है।

बीजापुर सल्तनत ने गोवा को विजयनगर से छीन कर अपने भूमि राजस्व को बहुत बढ़ा लिया था। तिमोजा और अन्य असंतुष्ट हिंदू नेताओं ने अफ़ोंसो डी अल्बुकर्क को इस अपेक्षा में हस्तक्षेप के लिए आमंत्रित किया कि वह खिराज़ प्राप्त करने के बाद लौट जाएंगे। हुआ यह कि 1510 में अल्बुकर्क ने यूसुफ़ आदिल शाह को हरा कर गोवा पर कब्ज़ा ही कर लिया और वहाँ की मुस्लिम आबादी को देशनिकाला दिया या मार डाला । 1560 तक ओल्ड गोवा, बार्देज़, साल्सेट, दमन और दीव पुर्तग़ालियों के अधिकार में रहा । बाद में, 18 वीं शताब्दी में उन्होंने पोंडा और बिचोलिम जैसे क्षेत्रों पर भी अधिकार कर लिया। 1535 से उनका प्रभाव कोचीन और मुंबई के पास वसई जैसे संरक्षित राज्यों तक फैला रहा, जब तक कि 1663 में डचों ने उस पर विजय नहीं प्राप्त कर ली। वहीं पूर्वी तट पर पुर्तग़ाली व्यापारी सेंट थॉम (चेन्नई) और हुगली में सक्रिय रहे जहाँ से 1632 में शाहजहाँ ने उन्हें निष्कासित किया । विकिमेडिया से लिए चित्र में लिस्बन के एक दीवार चित्र को दिखाया है जिसमें अल्बुकर्क के मलक्का पर आक्रमण का दृश्य है।

इनक्विज़िशन को 1481 स्पेन में इसलिए स्थापित किया गया था कि धर्मांतरित यहूदी लोग चर्च के अधिकार में ही बने रहें। पुर्तगाल ने 1541 में इसी को अपनाया । पादरियों के आग्रह पर 1560 में गोवा इनक्विज़िशन की स्थापना की गई, जो शुरू में तो नए-नए धर्मांतरित व्यक्तियों पर केंद्रित रहा परंतु बाद में चर्च-शिक्षा के विरोध के संदिग्ध भी इसका शिकार बनने लगे । इसकी कार्यवाहियाँ गुप्त होती थीं, गवाहियाँ जबरन दिलवाई जाती थीं, तथा यातनायुक्त कठोर दंड दिया जाते थे ताकि दूसरों को नसीहत मिले । यूरोपियों सहित अनेक व्यक्तियों ने इस संस्था का उपयोग निजी वैमनस्य के निपटान के लिए भी किया । वार्षिक ऑटो-दे-फ़े के दौरान दोषियों की सार्वजनिक परेड होती थी और कुछ को जला भी दिया जाता था। गोवा इन्क्विज़िशन के बहुत कम विवरण या इमारतें आज बची हैं। हालांकि, इतिहासकार संकेत देते हैं कि यह यूरोप की तुलना में कहीं अधिक व्यापक था। 1820 में इसके खात्मे के पहले इसने 16,172 मामले किए । कुछ लोग दावा करते हैं कि ओल्ड गोवा का हाथ-कातरो स्तम्भ (जहां दोषियों के हाथ काटे जाते थे) इनक्विज़िशन से ही सम्बद्ध है। परंतु इस पर सर्वसम्मति नहीं हैं। storytrails.com की छवि गोवा इन्क्विज़िशन के दौरान दोषियों की एक जुलूस परेड को दर्शाती है।

संत फ्रांसिस ज़ेवियर चर्च के इतिहास के सबसे प्रसिद्ध मिशनरियों में से एक हैं। उन्होंने भारत, मलाया और जापान में धर्मप्रचार किया। वे 1542 में भारत आए और 1552 में उनका निधन हो गया। उनके संरक्षित (एम्बाम्ड) शरीर को अगले वर्ष गोवा के बोम जीसस बेसिलिका में लाया गया। 1683 में, एक बड़े मराठा आक्रमण के दौरान, पुर्तगाली वायसराय ने दिव्य हस्तक्षेप की अंतिम उम्मीद के रूप में ज़ेवियर के ताबूत के सामने अपना राजदंड रख दिया था ।
संयोगवश, मुगलों ने मराठों पर पीछे से हमला किया, जिससे उन्हें पीछे हटना पड़ा। इसके बाद से ज़ेवियर को “गोएंचो साहब” के रूप में पूजा जाने लगा।
आज भारत में, उनके नाम पर अनेक शैक्षणिक संस्थाएँ हैं, परंतु संत ज़ेवियर का एक विवादास्पद पक्ष भी है। 16 मई 1545 को पुर्तगाल के राजा को लिखे एक पत्र में उन्होंने धर्मद्रोहियों के दमन के लिए मध्ययुगीन कैथोलिक आतंकी संस्था – इन्क्विज़िशन की स्थापना के लिए विशेष रूप से अनुरोध किया। विकिमीडिया छवि मे संत ज़ेवियर का एक जापानी चित्रण दिखाया गया है।

मलाबार में सीरियाई ऑर्थोडॉक्स समुदाय (संत थॉमस ईसाई) पुर्तगालियों के आगमन के समय समृद्धि पर था । प्रारंभ में पुर्तगलियों ने उनका सहयोग लिया था । इस समुदाय की वंशावली को यीशु के शिष्य, संत थॉमस से जुड़ी है, जिनके बारे में कहा जाता है कि वे भारत आए थे और 52 ईस्वी में शहीद हुए थे। पुर्तगालियों ने 1517 में चेन्नई के मीलियापुर में संत थॉमस की कब्र की खोज की, जिसे कालांतर में सान थोम नाम दिया गया। सीरियाई ऑर्थोडॉक्स समुदाय सीरियाई या नेस्टोरियन चर्च का अनुसरण करता था जिनकी एक अलग बाइबल पेशीत्ता (अर्थात् “सरल”) नाम से हुआ करती थी। पुर्तगालियों ने इसे धर्मद्रोह माना।
1599 में डायम्पर की साइनोड धर्मसभा के बाद, उन्होंने इस समुदाय को लैटिन रीति-रिवाज अपनाने के लिए मजबूर किया। सीरियाई ईसाई पुस्तकों को जला दिया गया; किंवदंतियों के अनुसार केवल सीरियाई बाइबिल की केवल एक प्रति बची । 1653 में, सीरियाई ईसाइयों के एक वर्ग ने अपने प्राचीन रीति-रिवाजों को संरक्षित करने के लिए कूनन क्रॉस शपथ ली। तत्पश्चात यह समुदाय दो भागों में विभाजित हो गया—रोम से संबद्ध सीरो मलाबार चर्च और स्वतंत्र जैकबाइट सीरियाई, जो मुख्यतः सीरियाई मलंकड़ा चर्च कहलाया। कैम्ब्रिज विश्वविद्यालय में संरक्षित यह चित्र एक सीरियाई बाइबिल का है जिसे मलंकड़ा चर्च ने 1806 में डॉ. बुकानन को दान किया था।

तिस्वाड़ी की देवी भगवती को 1673 में मूर्ति भंजन से बचाने के लिए मार्सेल ले जाया गया था। तिस्वाड़ी की वार्षिक यात्रा इसी घटना की याद में निकाली जाती है।
हिंदुओं ने पुर्तगालियों को गोवा पर अधिकार करने में मदद की थी। प्रारम्भ में उनके साथ सद्व्यवहार हुआ । फिर 1540 से हिंदुओं से जो कानूनी भेदभाव शुरू हुआ तो वह 1910 में जा कर खत्म हुआ। हालांकि 18वीं शताब्दी से बाद से इसमें धीरे-धीरे कमी आने लगी थी।
पियरसन का कहना है कि 1540 के बाद धर्मांतरण को बल देने के लिए पुराने गोवा, बार्डेस और फिर साल्सेट में सभी हिन्दू मंदिर नष्ट कर दिए गए। अधिकतर हिंदू रीति-रिवाज जिनमें विवाह और अंतिम संस्कार भी शामिल थे, प्रतिबंधित कर दिए गए। व्यथित ब्राह्मणों ने मूर्तियों को बचाया और उन्हें पुर्तगाली क्षेत्र से बाहर ले गए। यही कारण है कि अनेक विशाल मंदिर पोंडा क्षेत्र में स्थित हैं। केवल अधिक सहिष्णु 18वीं शताब्दी में यह क्षेत्र पुर्तगालियों के अधीन आया।
वायसराय जोआओ सल्दाना ने 1729 में कहा कि गोवा का तात्कालीन पतन व्यापार की कमी के कारण हुआ, क्योंकि हिंदू और मुस्लिम व्यापारी पवित्र कार्यालय (चर्च) से आतंकित थे। मंदिर की वेबसाइट से लिया गया यह चित्र मार्सेल, गोवा स्थित श्री भगवती हल्दोंकरीन देवस्थान का है।

1683 में, संभाजी की सेनाएँ पुराने गोवा के द्वार तक पहुँच गईं थीं, जो पतन के कगार पर खड़ा दिख रहा था। लेकिन उसी समय पीछे से हुए मुग़ल आक्रमण के कारण मराठों को पीछे हटना पड़ा। बाद में, 1739 में, चिमनाजी अप्पा ने दो वर्षों के तीव्र अभियान के बाद पुर्तगालियों को मुंबई क्षेत्र से खदेड़ दिया, जिसका चरम बिंदु वसई पर विजय प्राप्त करना था। चिमनजी ने पराजित पुर्तगालियों को सम्मानपूर्वक जाने की अनुमति दी।
पुर्तगालियों ने मुंबई के प्राचीन मंडपेश्वर मंदिर को एक चर्च में बदल कर उसका नाम माउंट पोइसर रख दिया था । मराठों ने बाद में इसे पुनः शिव मंदिर बनाया । कालांतर में ब्रिटिश ने इसके बगल में एक चर्च बनाया। यही आज दहिसर/पोइसर का प्रसिद्ध आईसी चर्च है।
मराठों ने अनेक विशाल और मधुर ध्वनि वाली चर्च की घंटियाँ जब्त कर लीं और उन्हें हिंदू मंदिरों को अर्पित कर दिया। वे आज भी देखी जा सकती हैं। रेडिट से ली छवि में प्रसिद्ध भीमाशंकर मंदिर में पुर्तगाली घंटियों का चित्र दिखाया गया है।

गुजरात के सुल्तान के मुंबई के सात द्वीपों पर पुर्तगालियों ने 1535 में कब्ज़ा कर लिया था। जब इंग्लैंड के चार्ल्स द्वितीय ने 1662 में कैथरीन ऑफ ब्रागांज़ा से विवाह किया, तो पुर्तगालियों ने ये द्वीप—जिन्हें उस समय “बों बाहिया” (अच्छी खाड़ी) कहा जाता था—ब्रिटिशर्स को दहेज के रूप में सौंप दिए। पुर्तगालियों ने 1739 में मराठों द्वारा पराजित किए जाने तक, वसई जैसी आस-पास की भूमि अपने नियंत्रण में रखी। ब्रिटिश ने 1780 में इन क्षेत्रों को मराठों से अपने अधीन कर लिया। पुर्तगाली युग के मुंबई के अनेक चर्च, जैसे माहिम का सेंट माइकल्स और बांद्रा का माउंट मेरी, आज भी लोकप्रिय हैं।
रॉयल संग्रह ट्रस्ट के चित्र में बंबई का पुराना ब्रिटिश किला दिखाया गया है।

पुर्तगालियों ने पूर्वक्षेत्र में मसाला व्यापार को नियंत्रित करने का प्रयास किया। मसाला व्यापार से प्राप्त धन द्वारा उन्होंने अरबी घोड़े आयात किए। भारत के राजाओं में इन घोड़ों की बहुत मांग थी । 16वीं शताब्दी ईस्वी में, पुर्तगाली, दक्कन की सल्तनतों की अपेक्षा हिंदू विजयनगर साम्राज्य के प्रति अधिक मित्रवत थे। इसलिए उन्होंने घोड़े विजयनगर को तो पहुँचाए, लेकिन सल्तनतों से उन्हें गोवा ाअ कर लेने के लिए कहा। विजयनगर साम्राज्य के कुछ श्रेष्ठतम विवरण डोमिंगो पायस जैसे पुर्तगाली घोड़ा व्यापारियों के हैं।
1565 में विजयनगर साम्राज्य के पतन के बाद यह व्यापार घट गया। पादरियों ने भी दबाब डाला कि ‘काफ़िरों’ को घोड़े न बेचे जाएँ । 18वीं शताब्दी तक पुर्तगालियों ने, मसालों और घोड़ों, दोनों पर अपना एकाधिकार गँवा दिया था। भारत में उनके गौरवशाली दिन खत्म हो चले थे और गोवा का पतन शुरू हुआ। विकिमीडिया पर सारा वेल्च द्वारा लिये गए हम्पी के विट्ठल मंदिर के आधार के चित्र में एक विदेशी व्यापारी को विजयनगर में घोड़े लाते हुए दिखाया गया है ।

आलू का उद्गम दक्षिण अमेरिका में हुआ था और 17वीं शताब्दी के प्रारंभ में इसने पुर्तगालियों के माध्यम से भारत में प्रवेश किया। उन्होंने तंबाकू, अनानास, पपीता, मक्का, शकरकंद, काजू और लाल मिर्च से भी भारत को परिचित कराया । उनकी कलमकारी तकनीकों से, प्रसिद्ध अल्फ़ांसो सहित आम की नई किस्में विकसित हुईं।
एक प्रसिद्ध चिकित्सक, गार्सिया डी ऑर्टा ने (1561 में प्रकाशित) भारतीय पौधों और खनिजों के औषधीय गुणों तथा स्थानीय रोगों पर एक ऐतिहासिक पुस्तक लिखी।
दुर्भाग्यवश, उनका यहूदी धर्मांतरित परिवार गोवा इन्क्विज़िशन का शिकार हुआ। उनकी बहन को जीवित जला दिया गया। ऑर्टा के शव को कब्र से निकालकर जलाया गया। आज ऑर्टा को पुर्तगाल में एक नायक के रूप में सम्मानित किया जाता है। storytrails.com पर दिखाया गया चित्र लिस्बन में स्थित उनकी प्रतिमा का है।

जेसुइट्स ने 1556 में में एशिया के सर्वप्रथम तथा यूरोप के बाहर चौथे, मुद्रणालय की स्थापना गोवा में की थी। इस मुद्रणालय धार्मिक उद्देश्य से था और इसने वैज्ञानिक प्रगति को बढ़ावा नहीं दिया। इसमें 1556 से 1679 तक छपी चालीस पुस्तकों में से 37 पुस्तकें धार्मिक थीं। जैसे-जैसे पुर्तगालीयों का धार्मिक उत्साह बढ़ा और व्यापारिक प्रभाव घटा, व्यापारी भाग गए और गोवा पतन की ओर चला गया। जेसुइट्स का मुद्रणालय 1683 में बंद हो गया। फिर 1821 तक गोवा में कोई मुद्रण सुविधा नहीं रही। पुर्तगाल स्वयं भी औद्योगिक क्रांति में काफी देर से शामिल हुआ। इस कारण गोवा ब्रिटिश भारत की तुलना में कहीं अधिक गरीब रहा। इससे 1900 के दशक की शुरुआत में अनेक गोवावासी मुंबई और अन्य शहरों की ओर पलायन कर गए। पुर्तगाली तानाशाह सालाज़ार ने अपने शासनकाल में (1932 के पश्चात) गोवा में खनन परियोजनाएँ शुरू कीं, लेकिन इससे पतन रुक नहीं पाया।
Serendipity Arts द्वारा लिया गया चित्र गोवा के सेंट पॉल कॉलेज के अवशेष का है, जहाँ पहले मुद्रणालय की स्थापना की गई थी।

पुर्तगाली भाषा में ‘कास्ता’ का अर्थ होता है ‘वंशावली’। इसका प्रयोग रक्त की ‘शुद्धता’ के आधार पर नस्लीय वर्गों का वर्णन करने के लिए किया जाता था। पियरसन लिखते हैं: “…सुपरिचित आइबेरियन श्रेणीकरण पद्धति, जो पुर्तगाल में जन्मे लोगों (रेइनोज़) से शुरू होकर एशिया में पुर्तगाली माता-पिता से जन्मे लोगों (कास्तिगोस या इंडियात्कोस) तक जाता है, और वहाँ से एशिया में पुर्तगाली और भारतीय, या पुर्तगाली और अफ्रीकी माता-पिता से जन्मे लोगों (क्रमशः मेस्तिगोस और मुलाटोज़) तक पहुँचता है।” वे आगे कहते हैं: “इस श्रेणीकरण से बाहर, और इसके नीचे स्थानीय ईसाई थे, परंतु कास्तिगोस और मेस्तिगोस को भी अभिजात्य वर्ग द्वारा काफी संदेह की दृष्टि से देखा जाता था।”
हिंदू जाति-वर्ण प्रणाली पुर्तगालियों के आगमन के पहले से ही विद्यमान और प्राचीन थी। इसलिए यह समझना कठिन है कि इसके लिए ‘कास्ट’ शब्द का प्रयोग क्यों शुरू हुआ। विकिमीडिया पर उपलब्ध चित्र मेक्सिको की एक पेंटिंग का है, जिसमें कास्ता प्रणाली की 16 नस्लीय श्रेणियाँ दर्शाई गई हैं।